CS surgiu em 1999 como uma modificação para o Half-Life, daí o nome Half-Life: Counter-Strike. A versão original era uma modificação do Half-Life e o engine dos dois é o mesmo, mas o sucesso foi tanto que hoje é anunciado como um jogo independente. No ano seguinte, a Valve, desenvolvedora do Half-Life, uniu forças comos desenvolvedores do Counter-Strike e a versão 1.0 do game foi lançada. A versão mais recente, 1.6, foi lançada em 2003.
Originalmente, Counter-Strike era jogado através do WON, mas, em 2004, esse servidor fechou e então os jogadores tiveram que migrar para o Steam.
